San Frantzisko komentua Bizkaiko zaharrena da, lurraldeko agiriek diotenez. 1357ko Urtarrilaren 30an eman zuten eraikitzeko agindua Tello kondeak eta haren emazte Larako Juana Bizkaiko Jaunek. Lanak XVI. mendearen amaieran bukatu ziren, kanpandorrea ez zelarik 1607. urterarte ordaindu.

Frantziskotarrak Bermeora iristean ez zuten komentua eraikitzeko bezainbeste orube huts aurkitu hiribildu barnean, horregaitik garaiko eskeko kongregazioen antzera, beraien eraikinak harresitik kanpo altxatu zituzten.

Honela, Bermeoko San Frantzisko komentua Almikako Andra Mari monastegiaren horniduraz harresia inguratzen duten horma altuen magalean eraikitzen da Errementarien portalaren aurrean, geroago komentuaren izena hartuz. Inguruetan ontziolak eta burdinolak eraiki ziren.

Ondorengo mendeetan aldaketa ugari izan ditu guden edo desamortizazioen eraginez.

1928, urteaz geroztik klaustroan merkatua egin da hainbat urtez.

Gaur egun, eliza, klaustroa eta erabat aldatutako komentuaren zati bat gelditzen dira. Eliza nabe bakarrekoa da, abside poligonala du eta gurutzeria ganga batek estaltzen du. Nabeko hormetan arku puntadunezko baoak daude, eta ataria landareak irudikatzen dituzten erliebeekin apainduta dago.

Eraikineko elementurik garrantzitsuena klaustroa da. Puntadun arkuak ditu, hiru zutabe txikiz apaindutako pilareen gainean. Klaustroko lau ertzetan apaindutako mentsulek eusten duten arku eskartzano bana dago. Otoitz egiten, abesten edo predikatzen dauden fraideak ageri dira apaingarri gisa.

1983ko uholdeetan eliza eta klaustroa hondatu ziren, eta elizaren barruan urak 2 metro baino gehiagoko altuera izan zuen.

Frantziskotarrei buruzko erreferentzia historikoren bat egiten den bakoitzean, ezinbestekoa da Izaro irlako komentua gogoan edukitzea. Fraileak 1422an heldu ziren Izarora, eta bertan egon ziren 1719. urtean Foruko komentu berrira joan ziren arte. Urte guzti horietan hainbat kondaira sortu ziren, piraten setioak jazan zituzten eta baita errege desberdinen bisitak jaso ere: Enrique IV (1457), Fernando “El Católico” (1476) eta bere emazte Isabel (1483).