Le couvent de San Francisco de Bermeo est le plus ancien de Bizkaia d’après les documents de la province. Les Seigneurs de Biscaye, le Comte Tello et son épouse Juana de Lara, donnèrent l’ordre de le construire le 30 janvier 1357.
Quand les Franciscains arrivèrent à Bermeo, ils ne trouvèrent pas suffisamment de terrain pour construire leur couvent à l’intérieur de la muraille. Par conséquent, comme d’autres ordres mendiants de l’époque, ils construisirent leurs bâtiments hors des remparts.
C’est ainsi que l’on construisit le couvent San Francisco face à la Porte de Ferrerías grâce à la dot du monastère de Santa María de Alboniga.
L’on construisit autour des chantiers navals et des forges.
Au motif de guerres ou d’amortissements, le couvent connut les siècles suivants de nombreuses modifications.
De 1928 jusqu’aux inondations de 1983, le cloître fait fonction de marché. Aujourd’hui, l’ensemble est formé par l’église, le cloître et une partie du couvent entièrement transformée. L’église possède une seule nef, une abside polygonale, et elle est couverte d’une voûte à croisée d’ogives. La nef est éclairée par des baies à arcs ogivaux et l’entrée principale présente une décoration florale.
Cependant, le cloître constitue l’élément le plus important de cette construction. Il s’ouvre sur le patio central à travers des arcs ogivaux soutenus par des piliers décorés par trois petites colonnes. Les quatre angles présentent un arc surbaissé soutenu par des encorbellements décorés avec des motifs figuratifs : moines priant, chantant ou prêchant.
Lors des inondations de1983 l’église et le cloître furent inondés. Dans l’église, l’eau atteignit une hauteur de plus de 2 mètres.
Dès lors que l’on fait une référence historique aux Franciscains, il est nécessaire d’indiquer qu’il y eut dans l’île d’Izaro un couvent franciscain. Les moines arrivèrent à Izaro en 1422 et y restèrent jusqu’en 1719, où ils partirent pour le nouveau couvent de Forua. Durant toute cette période surgirent toute sorte d’histoires et de légendes sur les attaques de pirates et les visites du roi Henri IV (1457), de Ferdinand le Catholique (1476) et son épouse Isabelle (1483).