Al portal de San Juan se le denomina así por ser el que da salida a la ermita de San Juan de Gaztelugatxe. Era la principal que tenía el muro, ya que encima existe una edificación en forma de torre.
La puerta es del siglo XIV y se abre mediante arco rebajado al interior de la villa, mientras que hacia el exterior tiene un arco apuntado. Entre ambos está la ranura por donde se bajaba la puerta que cerraba la villa. Encima del arco rebajado se sitúa una hornacina con la imagen de San Juan.
En el siglo XIII y XIV Bermeo era cabeza de Bizkaia y la villa vizcaína con más actividad económica al ser uno de los puertos con más comercio de toda la península. Se exportaban grandes cantidades de pescado hacía el interior y de allí tornaban con vino, madera y carbón para transportarlos por vía marítima.