El convento de San Francisco de Bermeo es el más antiguo de Bizkaia según la documentación de la provincia. Los Señores de Bizkaia el Conde Tello y su esposa Juana de Lara dieron la orden de edificarlo el 30 de enero de 1357.

Cuando llegaron los franciscanos a Bermeo no encontraron suficiente terreno como para edificar su convento dentro de la muralla. Por eso, al igual que otras congregaciones mendicantes de la época, construyeron sus edificios fuera de la muralla.

De esta forma se edifica el convento San Francisco frente al Portal de Ferrerías con dote del monasterio de Santa María de Alboniga.

En sus alrededores se construyeron astilleros y ferrerías.

Bien por motivo de guerras o por des-amortizaciones los siglos siguientes el convento sufre muchas modificaciones.

Desde 1928 hasta las inundaciones de 1983 el claustro se utiliza como mercado. Hoy por hoy, el conjunto está formado por la iglesia, el claustro y una parte del convento completamente transformada. La iglesia tiene una sola nave, ábside poligonal y está cubierta por una bóveda de crucería. La nave está iluminada con vanos de arcos apuntados, y la entrada principal cuenta con decoración floral.

No obstante, el claustro constituye el elemento más importante de esta construcción. Se abre al patio central a través de arcos apuntados sostenidos por pilares decorados por tres pequeñas columnas. Las cuatro esquinas cuentan con un arco escarzano sostenido en ménsulas decoradas con motivos figurados: frailes rezando, cantando o predicando.

En las inundaciones de1983 se inundaron la iglesia y el claustro. Dentro de la iglesia el agua llegó a una altura de más de 2 metros.

Siempre que ese hace alguna referencia histórica sobre los franciscanos es preciso mencionar que en la isla de Izaro hubo un convento franciscano. Los frailes llegaron a Izaro en 1422 y allí se mantuvieron hasta 1719, cuando se fueron al convento nuevo de Forua. Durante todo ese periodo se dieron todo tipo de historias y leyendas, ataques piratas así como visitas del rey Enrique IV (1457) Fernando El Católico (1476) y su esposa Isabel(1483).